可以说，《水形物语》讲了一个多维度的故事。可以看到的是，1962年，冷战年代的背景下，统治者对个人思想的绞杀——比如，苏联间谍最终被杀害，只因为他不忍伤害这么善良的人鱼生物。而在社会层面，这种绞杀也是存在的，影片展现了民众中对于少数族裔人群的歧视，对于少数群体的驱逐，白人精英高高在上的优越感。
结合到导演“陀螺”自身的移民经历，这部影片的深层意思，是在讲述“异类”在这个世界中如何被约定俗成，如何被欺侮、辱没。这些沉甸甸的心灵流着鲜血，而强势者却看不到这些苦痛，继续用电棍，来摧残他们。
而这种揭露也不是故事的最终目的，继续剥开故事的外壳，可以感受到爱与勇气的跃动，女主角能够感受到与人鱼之间心灵的契合，爱与善意可以跨越物种、超越言语。而且整个的营救过程是女性主导，哑女的邻居在一开始时就说“不，我们什么也做不了”，哑女好友的丈夫，一个高高大大的黑人，则是出卖哑女的“元凶”，而哑女好友、黑人清洁工却无惧地向自己的朋友打电话报信。男性邻居、女清洁工与哑女之间的情谊也是一种爱与理解，而那位前苏联间谍的帮忙则是一种对于生物之美的爱护，对于科学，甚至是灵性的信仰。
